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Bioinformática: Rosalind

Esse é o repositório do grupo de estudo de bioinformática ligado às PyLadies Brasil, iremos armazenar os estudos, os modelos, outros arquivos relacionado a bioinformática. Inicialmente, estaremos utilizando a proposta da rosalind. Rosalind é um website que possui diversos problemas de Bioinformática para serem resolvidos usando programação. Os exercícios fornecem os dados de input e as instruções do que deve ser feito, o objetivo é usar a programação para retornar a resolução com output.

Objetivo do grupo: estimular mulheres que querem ingressar ou avançar na área de bioinformática, de modo a adquirir maior conhecimento sobre python e uso da informática para analisar e manipular dados biológicos.

Funcionamento do grupo:

  • um exercício do site será escolhido
  • cada integrante resolverá individualmente o problema com seu código em python e em sua casa.
  • Após isso, as integrantes se reúnem uma vez, quinzenalmente, aos domingos de manhã, para discutir as diferentes formas de resolver um mesmo problema inicial utilizando programação: analisar diferentes métodos, bibliotecas, estruturas, etc.

Orientação para upload dos arquivos no repositório: recomendamos que crie o arquivo com o seguinte nome Exercicio_X_SEUNOME.py, onde X se referencia a letra do exercício apresentado no cronograma, por exemplo, Exercicio_A_Clara.py. E armazene na respectiva pasta da fase conforme segue descrito nos cronogramas dos grupos. Assim, quem está no grupo 2, por exemplo, encontra-se na 1ª fase, logo salva o arquivo na pasta fase 1.


Cronograma do grupo 1

Fase 1: 6 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA String Algorithms 10 out. 2020
B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content String Algorithms 24 out. 2020
C - Counting Point Mutations Alignment 15 nov. 2020¹
D - Rabbits and Recurrence Relations Combinatorics 15 nov. 2020¹
E - Mendel's First Law Heredity 6 dez. 2020¹
F - Finding a Motif in DNA String Algorithms 13 dez. 2020
¹Adiados excepcionalmente.

Fase 2: 7 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Overlap Graphs Graph Algorithms 24 jan. 2021
B - Mortal Fibonacci Rabbits Combinatorics 07 fev. 2021
C - Consensus and Profile String Algorithms 21 fev. 2021
D - Calculating Expected Offspring Heredity 07 mar. 2021
E - Finding a Protein Motif Proteomics 21 mar. 2021
F - RNA Splicing String Algorithms 04 abr. 2021
G - Calculating Protein Mass Computacional Mass Spectrometry 18 abr. 2021

Fase 3: 6 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Open Reading Frames Combinatorics 02 mai. 2021
B - Independent Alleles Heredity 16 mai. 2021
C - Finding a Shared Motif String Algorithms
D - Enumerating Gene Orders Genome Rearrangements
E - Locating Restriction Sites String Algorithms
F - Inferring mRNA from Protein Combinatorics

Fase 4: 6 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Perfect Matchings and RNA Secondary Structures Combinatorics
B - Partial Permutations Genome Rearrangements
C - Completing a Tree Phylogeny
D - Introduction to Random Strings Probability
E - Genome Assembly as Shortest Superstring Genome Assembly
F - Finding a Spliced Motif String Algorithms

Fase 5: 6 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Transitions and Transversions Alignment
B - Enumerating k-mers Lexicographically String Algorithms
C - Longest Increasing Subsequence Dynamic Programming
D - Enumerating Oriented Gene Orderings Genome Rearrangements
E - Counting Phylogenetic Ancestors Phylogeny
F - Maximum Matchings and RNA Secondary Structures String Algorithms

Cronograma do grupo 2

Fase 1: 6 semanas

Exercícios Tópico Dia da Reunião
A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA String Algorithms 04 abr. 2021
B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content String Algorithms 18 abr. 2021
C - Counting Point Mutations Alignment 02 mai. 2021
D - Rabbits and Recurrence Relations Combinatorics 16 mai. 2021
E - Mendel's First Law Heredity
F - Finding a Motif in DNA String Algorithms

Comunicação

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