En esta página, se explica cómo habilitar la API de Healthcare Natural Language, configurar los permisos y llamar al método analyzeEntities para extraer estadísticas médicas a partir de texto médico.
Descripción general
La API de Healthcare Natural Language proporciona soluciones de aprendizaje automático para obtener estadísticas a partir de texto médico. La API de Healthcare Natural Language forma parte de la API de Cloud Healthcare. Para obtener una descripción general de la API de Healthcare Natural Language, consulta la documentación conceptual de la API de Healthcare Natural Language.
La API de Healthcare Natural Language analiza texto médico no estructurado, como registros médicos o reclamos de seguros. Luego, genera una representación de datos estructurados de las entidades de conocimiento médico almacenadas en estas fuentes de datos para el análisis y la automatización posteriores. Por ejemplo, puede hacer lo siguiente:
- Extrae información sobre conceptos médicos, como enfermedades, medicamentos, dispositivos médicos, procedimientos y sus atributos clínicos relevantes.
- Asigna conceptos médicos a vocabularios estándar como RxNorm, ICD-10, MeSH y SNOMED CT (solo usuarios de EE.UU.)
- Obtén estadísticas médicas a partir de texto y, luego, intégralas a productos de análisis de datos en Google Cloud
Ubicaciones disponibles
La API de Healthcare Natural Language está disponible en las siguientes ubicaciones:
| Nombre de la ubicación | Descripción de la ubicación |
|---|---|
asia-south1 |
Bombay, India |
australia-southeast1 |
Sídney, Australia |
europe-west2 |
Londres, Reino Unido |
europe-west4 |
Países Bajos |
northamerica-northeast1 |
Montreal, Canadá |
us-central1 |
Iowa, EE.UU. |
Habilita la API de Healthcare Natural Language
Antes de comenzar a usar la API de Healthcare de Natural Language, debes habilitarla para tu proyecto de Google Cloud. Puedes usar la API de Healthcare Natural Language sin habilitar ni usar las funciones de la API de Cloud Healthcare.
Para habilitar la API, completa los siguientes pasos:
- Accede a tu cuenta de Google Cloud. Si eres nuevo en Google Cloud, crea una cuenta para evaluar el rendimiento de nuestros productos en situaciones reales. Los clientes nuevos también obtienen $300 en créditos gratuitos para ejecutar, probar y, además, implementar cargas de trabajo.
-
In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.
-
Asegúrate de que la facturación esté habilitada para tu proyecto de Google Cloud.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Configura la variable de entorno
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALSen la ruta del archivo JSON que contiene tus credenciales. Esta variable solo se aplica a la sesión actual de Cloud Shell. Por lo tanto, si abres una sesión nueva, deberás volver a configurar la variable. -
In the Google Cloud console, on the project selector page, select or create a Google Cloud project.
-
Asegúrate de que la facturación esté habilitada para tu proyecto de Google Cloud.
-
Create a service account:
-
In the Google Cloud console, go to the Create service account page.
Go to Create service account - Select your project.
-
In the Service account name field, enter a name. The Google Cloud console fills in the Service account ID field based on this name.
In the Service account description field, enter a description. For example,
Service account for quickstart. - Click Create and continue.
-
Grant the Project > Owner role to the service account.
To grant the role, find the Select a role list, then select Project > Owner.
- Click Continue.
-
Click Done to finish creating the service account.
Do not close your browser window. You will use it in the next step.
-
-
Create a service account key:
- In the Google Cloud console, click the email address for the service account that you created.
- Click Keys.
- Click Add key, and then click Create new key.
- Click Create. A JSON key file is downloaded to your computer.
- Click Close.
-
Configura la variable de entorno
GOOGLE_APPLICATION_CREDENTIALSen la ruta del archivo JSON que contiene tus credenciales. Esta variable solo se aplica a la sesión actual de Cloud Shell. Por lo tanto, si abres una sesión nueva, deberás volver a configurar la variable. -
Habilita Cloud Healthcare API.
- Instala Google Cloud CLI.
-
Para inicializar la CLI de gcloud, ejecuta el siguiente comando:
gcloud init
Configura los permisos
Para usar las funciones de esta guía, debes tener el permiso healthcare.nlpservice.analyzeEntities, que se incluye en la función healthcare.nlpServiceViewer.
Para asignar esta función, ejecuta el comando gcloud projects add-iam-policy-binding:
gcloud projects add-iam-policy-binding PROJECT_ID \
--member serviceAccount:SERVICE_ACCOUNT_ID \
--role roles/healthcare.nlpServiceViewer
Extrae entidades, relaciones y atributos contextuales
La API de Healthcare Natural Language usa modelos contextuales para extraer entidades médicas, relaciones y atributos contextuales. Cada entidad de texto se extrae a una entrada de diccionario médico. Para extraer este nivel de estadísticas médicas a partir de texto médico, usa el método projects.locations.services.nlp.analyzeEntities.
Para incluir el vocabulario con licencia de SNOMED CT en tus menciones de entidades, consulta Cómo incluir vocabularios con licencia.
Para extraer estadísticas médicas de un texto médico con la API de Healthcare Natural Language, realiza una solicitud POST y especifica el texto de destino en el campo documentContent. El tamaño máximo del texto médico es de 20,000 caracteres Unicode.
En los siguientes ejemplos, se muestra cómo usar el método analyzeEntities para extraer estadísticas médicas a partir del texto médico “Se administrará el régimen de insulina 5 unidades IV para la diabetes”.
REST
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
PROJECT_IDEl ID de tu proyecto de Google Cloud.LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
EOF
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes."
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
Si la solicitud es exitosa, la respuesta incluirá la siguiente información:
- Entidades de conocimiento médico reconocidas
- Características funcionales
- Relaciones entre las entidades reconocidas
- Atributos contextuales
- Asignaciones de las entidades de conocimiento médico a terminologías estándares
Para obtener una lista de los tipos de entidades, atributos y relaciones compatibles, consulta las funciones de la API de Healthcare Natural Language.
La siguiente respuesta identifica la insulina terapéutica, la entidad con el código C581 en el sistema de terminología de NCI, como el medicamento. La respuesta también incluye la puntuación de confianza asignada a la respuesta. Para obtener más información sobre los campos de respuesta, consulta la documentación de analyzeEntities.
Incluir vocabularios con licencia
De forma predeterminada, las respuestas de la API de Healthcare Natural Language incluyen los vocabulares médicos compatibles.
Puedes incluir el vocabulario de Condiciones clínicas de SNOMED, versión de EE.UU. (SNOMEDCT_US) en la respuesta si tu solicitud cumple con los siguientes requisitos:
- La solicitud a la API se origina en EE.UU.
- El campo
licensedVocabulariesen el cuerpo de la solicitud tiene el valorSNOMEDCT_US.
Si no necesitas el vocabulario de SNOMED CT, no se aplica ninguna de estas restricciones.
En el siguiente ejemplo, se muestra cómo incluir el vocabulario con licencia del CT de SNOMED en el objeto LicensedVocabularies para extraer estadísticas médicas del texto médico "Insulin 5 units IV will be managed for diabetes".
REST
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
PROJECT_IDEl ID de tu proyecto de Google Cloud.LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
EOF
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"licensedVocabularies": [
"SNOMEDCT_US",
"ICD10CM"
]
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
SNOMEDCT_US y ICD10CM. El resultado es el siguiente, y los códigos de vocabulario con licencia solicitados están en negrita:
Extrae el resultado como un paquete de FHIR R4
Puedes extraer entidades de texto y asignarlas a recursos y elementos de FHIR R4. El paquete FHIR R4 resultante incluye todas las entidades, las menciones de entidades y las relaciones en formato JSON. Por ejemplo, la API de Healthcare Natural Language asigna la entidad base PROBLEM al recurso FHIR R4 Condition y la entidad PROBLEM.ANATOMICAL_STRUCTURE al elemento de FHIR Condition.bodySite. Para obtener una lista de otras asignaciones, consulta Resultado de la API de Healthcare Natural Language como paquete de FHIR.
En los siguientes ejemplos, se muestra cómo extraer estadísticas médicas a partir del texto médico “Insulin régimen 5 units IV will bemanaged for diabetes” (Se administrará el régimen de insulina 5 unidades IV para la diabetes) en un paquete FHIR R4.
Para obtener más información, consulta el objeto AlternativeOutputFormat.
REST
Antes de usar cualquiera de los datos de solicitud a continuación, realiza los siguientes reemplazos:
PROJECT_IDEl ID de tu proyecto de Google Cloud.LOCATION: La ubicación del conjunto de datos
Cuerpo JSON de la solicitud:
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
Para enviar tu solicitud, elige una de estas opciones:
curl
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
cat > request.json << 'EOF'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
EOF
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
curl -X POST \
-H "Authorization: Bearer $(gcloud auth print-access-token)" \
-H "Content-Type: application/json" \
-d @request.json \
"https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities"
PowerShell
Guarda el cuerpo de la solicitud en un archivo llamado request.json.
Ejecuta el comando siguiente en la terminal para crear o reemplazar este archivo en el directorio actual:
@'
{
"documentContent": "Insulin regimen 5 units IV will be administered for diabetes.",
"alternativeOutputFormat": "FHIR_BUNDLE"
}
'@ | Out-File -FilePath request.json -Encoding utf8
Luego, ejecuta el siguiente comando para enviar tu solicitud de REST:
$cred = gcloud auth print-access-token
$headers = @{ "Authorization" = "Bearer $cred" }
Invoke-WebRequest `
-Method POST `
-Headers $headers `
-ContentType: "application/json" `
-InFile request.json `
-Uri "https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/services/nlp:analyzeEntities" | Select-Object -Expand Content
- La entidad reconocida menciona las entidades y sus relaciones en un formato similar al resultado en Extrae entidades, relaciones y atributos contextuales.
- Una clave
fhirBundleque contiene un recurso de paquete de FHIR con formato de cadena. El paquete de FHIR incluye todas las entidades, las menciones de entidades y las relaciones en formato JSON.